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            CLD數據處理神器來了!

            點擊次數:225 發布時間:2022-05-30

            細胞系開發的樣本數據要求: 

            –整理來自不同的分析儀器的數據和處理不同文件格式 

            –在不同的孔板和孔之間跟蹤 

            –數據能長時間保存和快速查找調用


            使用Biomek工作站CLD整合系統配合三大軟件(Biomek,SAMI 和DART)幫您輕松完成數據處理。


            細胞株開發現面臨巨大工作量的數據挑戰。與任何篩選過程一樣,樣本通量帶來了數據量的挑戰。當使用多種分析工具以不同格式生成不同類型的數據時,這就變得更加具有挑戰性。而且現在很多篩選要求多個方面的綜合結果來確定Hit Picking,因此其工作流要求必須使用這些hits的數據追蹤。在整個過程中,必須對數據進行追蹤,以確保進入生產的任何細胞株都有必要的歷史數據(例如單克隆性的證明),并且為了報告需要,所有的數據需要隨時快速被找到。


            解決容易出錯的數據格式問題

            在Microsoft Excel中復制和調整數據也是上是一個容易出錯的過程 ,特別是當試圖關聯來自不同分析器的數據時。例如, 我們使用CloneSelect Imager來對細胞單克隆性和生長測定,按行顯示報告結果(A1, A2, A3…圖1)。相反,我們使Octet HTX對IgG按列進行滴度測定(A1, B1, C1,…,圖1)。如果有人試圖在Microsoft excel中按名稱重新排序八位數據,則井仍然與CloneSelect數據不一致(A1, A10, A11…,圖1)。而自動化軟件能很快處理該問題,完成統一數據格式調整和編輯。

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            DART數據庫能儲存和自動檢索數據

            對于細胞株開發過程,當我們在ClonePix 2設備上的半固態培養基上測定克隆特性時,首先產生了有意義的數據。在挑選過程中,ClonePix 2識別出的最初特征,如菌落大小和外部熒光(抗體分泌的標志)鏈接到帶條形碼目的板和孔中。當掃描條形碼時,這些數據可以自動導入Biomek軟件。然后,作為液體轉移步驟的一部分,Biomek軟件會自動移動數據,因此數據可以隨著樣本移動而并行移動(圖2A)。同時,數據也可以存儲在DART數據庫中,未來任何時候掃描孔板條碼時,相應的數據都會被自動檢索出來。DART提供了不同時間交互的方法之間的鏈接(圖2B)—— 在諸如cell line開發這樣的長時間工作流程中,這是一個關鍵組件。

             

             

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            自動關聯樣本數據

            為了進一步說明細胞株開發工作流程中的數據挑戰,我們將描述長達數月的過程中的一天,并描述如何通過自動化數據軟件工具克服這些挑戰。通過有限稀釋和識別單克隆孔進行細胞株鋪板三周后,data移動并用于以下步驟(圖3):

             

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            在細胞株開發的整個過程中,這些步驟都是重復的,這些步驟包括將檢測數據與樣品孔連接,將來自多個分析儀的數據關聯起來,使用數據來驅動數據采集,并將所有數據提前以供追溯。此外,儲存所有潛在細胞株的數據是必要的,因為很多細胞株在后期會由于基因組不穩定或其他不需要的屬性而退出,而且不可能知道最終會選擇哪些細胞株用于細胞株庫。


            快速瀏覽和數據可視化

            為自動運行存儲和利用數據只是問題的一部分。您還必須能夠在需要時輕松地訪問數據,DART數據庫可以通過多種方便的方式訪問。為了以用戶友好的方式進行快速可視化,DART數據瀏覽器(圖4A)可以在Chrome瀏覽器中突出顯示方法、耗材和孔層面的數據。不僅可以遠程查看這些數據,還可以在運行期間刷新這些數據以使用實時數據進行更新。為了以可用的形式導出數據,可以使用DART報告生成器在Excel中生成報告,使用一個簡單的界面來選擇要包含在給定報告中的數據。所有這些都可以在不借助IT資源的情況下完成——這是一些大型數據管理系統的常見需求。

             

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            對于像細胞株開發這樣長達數月的工作流程,數據丟失或錯誤的風險更大,因此,確保數據完整性的工具至關重要。Biomek和DART軟件通過使數據完整性過程自動化且易于獲取,可以為細胞株開發過程提供真正的價值。

            *以上內容涉及設備僅適用于科研和工業,不用于臨床診斷。


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